2010年6月28日 星期一

分子圖形

丟了將近快20個 jobs,依然找不到理想中的過渡態結構,極度有可能是能障太小以致於太難找到,加上又有水分子,真得是難搞至極阿,希望提姆快忙完面試,可以祭出他寫的一個程式絕招。

也因為提姆的程式可能需要用到 checkpoint file,我才開始正視一個問題,之前在國高做的計算,使用 formchk 都無法將 checkpoint file 轉檔成功,因此我一直以為用國高算的checkpoint file是無法被使用的,原因是因為我以為計算的電腦和存放的電腦根本不同台所造成的,因此我就全砍光了 (= =)。

但想說怎麼實驗室的學長會都沒有用到 checkpoint file?
果然一問就發現問題所在,我忘記要去改「.bashrc」中引用計算軟體的的執行路徑,它包含了兩中版本的軟體路徑,所以我執行上是使用新版,但在 formchk 轉檔時,它會自動挑最上排一行舊版的軟體,導致不一致,所以轉檔總是錯誤,我覺得自己蠻蠢的。

接著,由於學長們使用ubuntu,所以用了一個叫 Avogadro 的軟體看分子結果,該軟體顯示的分子結構我覺得不亞於molden,甚至它還能創造出多種常見計算軟體的 input file 格式,所以即使沒有gauss view 也不用緊。
我覺得很有立體感,遠近距離很清楚,這點比 molden 好點,還有就是它也可以輕鬆讀取fchk檔,並直接自行計算出 MO 的 surface 樣子,也不用一定得裝 gaussian 在自己電腦才能辦到。

但是有一點,它所製作出來的向量圖eps,常常在開啓過程中,會顯示記憶體不足而毀損檔案,這表示它吃記憶體的量還蠻大的,實在很匪夷所思,molden處理eps檔到是非常的流暢。
目前克服的方式,就是將圖形轉成 pdf 檔,再開 illustrator 進一步修改並存成 png 檔,效果比直接用Avogadro存 png 會有質感很多,也蠻sharp!

ps:
1. 提姆明天面試了,看他真的蠻緊張的。
2. 我覺得Avogadro還是不太穩定,首先就是畫出的surface圖後,要匯出很容易crash掉,想畫出靜電位能圖,等它計算老半天後匯出就是容易crash掉,不管選擇什麼樣的向量圖,不知道是不是 mac 版的這部份比較有問題?
要再試試看linux版會不會也這樣才能知道。

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