分子圖形

丟了將近快20個 jobs，依然找不到理想中的過渡態結構，極度有可能是能障太小以致於太難找到，加上又有水分子，真得是難搞至極阿，希望提姆快忙完面試，可以祭出他寫的一個程式絕招。

也因為提姆的程式可能需要用到 checkpoint file，我才開始正視一個問題，之前在國高做的計算，使用 formchk 都無法將 checkpoint file 轉檔成功，因此我一直以為用國高算的checkpoint file是無法被使用的，原因是因為我以為計算的電腦和存放的電腦根本不同台所造成的，因此我就全砍光了 (= =)。

但想說怎麼實驗室的學長會都沒有用到 checkpoint file?

果然一問就發現問題所在，我忘記要去改「.bashrc」中引用計算軟體的的執行路徑，它包含了兩中版本的軟體路徑，所以我執行上是使用新版，但在 formchk 轉檔時，它會自動挑最上排一行舊版的軟體，導致不一致，所以轉檔總是錯誤，我覺得自己蠻蠢的。

接著，由於學長們使用ubuntu，所以用了一個叫 Avogadro 的軟體看分子結果，該軟體顯示的分子結構我覺得不亞於molden，甚至它還能創造出多種常見計算軟體的 input file 格式，所以即使沒有gauss view 也不用緊。

我覺得很有立體感，遠近距離很清楚，這點比 molden 好點，還有就是它也可以輕鬆讀取fchk檔，並直接自行計算出 MO 的 surface 樣子，也不用一定得裝 gaussian 在自己電腦才能辦到。

但是有一點，它所製作出來的向量圖eps，常常在開啓過程中，會顯示記憶體不足而毀損檔案，這表示它吃記憶體的量還蠻大的，實在很匪夷所思，molden處理eps檔到是非常的流暢。

目前克服的方式，就是將圖形轉成 pdf 檔，再開 illustrator 進一步修改並存成 png 檔，效果比直接用Avogadro存 png 會有質感很多，也蠻sharp!

ps:

1. 提姆明天面試了，看他真的蠻緊張的。

2. 我覺得Avogadro還是不太穩定，首先就是畫出的surface圖後，要匯出很容易crash掉，想畫出靜電位能圖，等它計算老半天後匯出就是容易crash掉，不管選擇什麼樣的向量圖，不知道是不是 mac 版的這部份比較有問題？

要再試試看linux版會不會也這樣才能知道。